Résumé complet : La prise en compte des milieux naturels et de la biodiversité par les maîtres d'ouvrage des grands projets d'infrastructures linéaires (une voie navigable dans ce cas) est une obligation réglementaire. Cette dernière s'avère souvent complexe en raison des caractéristiques intrinsèques de ce type de projets, mais également d'un déficit d'outils opérationnels et notamment d'indicateurs permettant d'évaluer la vulnérabilité écologique des milieux. Cet article propose une méthodologie fondée sur la constitution d'une base de données et d'un indicateur, construits à partir de l'analyse de l'aire d'étude environnementale du projet Seine-Nord-Europe. Dans cet article, un état de l'art des principaux types d'indices et d'indicateurs de biodiversité existants est dressé. La chronologie de leur émergence est indiquée afin de mettre en évidence le changement de paradigme qui a présidé à leur évolution. L'étude montre ensuite qu'il existe des besoins d'indicateurs de développement durable dans le domaine de l'aménagement. Une brève présentation est faite du projet Seine-Nord Europe sur lequel la conception de l'indicateur s'est appuyée. Enfin, est présenté l'indicateur de développement durable en mettant en évidence la méthode d'élaboration (choix des paramètres, construction de l'indicateur), les apports et les limites qui lui sont inhérents.