L'arrêt de la perte de biodiversité en France, en Europe et dans le monde, nécessite avant tout des mesures de protection, de gestion et de restauration des espaces naturels, cultivés ou non. L'enjeu en milieu urbain est complémentaire : il s'agit de restaurer les fonctionnalités écologiques dégradées par l'urbanisation (fertilité des sols, photosynthèse, production primaire, habitats d'espèces, etc.). La végétalisation des toitures peut contribuer à cet enjeu, à condition qu'elle s'inscrive dans un ensemble d'actions cohérentes et globales (gestion écologique des espaces verts, restauration de la qualité des sols urbains, réflexion sur les continuités écologiques). Loin d'une simple parure « verte », l'apport de ces toitures à la biodiversité est directement dépendant de la diversité des milieux ainsi créés, des végétaux plantés, de l'épaisseur et de la teneur en matière organique du substrat. Elle est également influencée par l'âge de la toiture|et le type d'entretien effectué.